Upadek Rzeczypospolitej pod koniec XVIII wieku nie oznaczał odejścia w niebyt symboliki narodowej. Wprost przeciwnie, XIX wiek i okres zaborów był bardzo płodny jeśli chodzi o projekty pieczęci, kokard i różnego rodzaju oznak, w których wykorzystywano motyw godła i barw narodowych. W okresie powstań narodowych trwały burzliwe dyskusje na temat korony wieńczącej głowę Orła Białego, jednak największą zmianą była ta, która dokonała się w okresie Powstania Styczniowego.

22 stycznia 1863 r. wybuchło powstanie, które swoim zasięgiem objęło Królestwo Polskie i tzw. ziemie zabrane, czyli tereny które obejmowały dawne Wielkie Księstwo Litewskie i Ukrainę prawobrzeżną. To właśnie tej ostatniej miała dotyczyć zmiana herbu Rzeczpospolitej. Jeszcze przed wybuchem powstania, w styczniu 1863 r. na posiedzeniu Komitetu Centralnego Narodowego padła propozycja Stefana Bobrowskiego, aby do Orła Białego i Pogoni Litewskiej dołączyć św. Michała Archanioła, symbol Ukrainy (od XVI w. był to herb województwa kijowskiego). Miało to z jednej strony upodmiotowić samych Ukraińców, jako równoprawnych obywateli Rzeczpospolitej, walczących tak samo o wyzwolenie spod carskiej zależności, jak również potwierdzić na arenie międzynarodowej, że tereny prawobrzeżnej Ukrainy są nierozerwalną częścią Rzeczpospolitej. W praktyce miało to służyć wskrzeszeniu XVII wiecznej idei Rzeczpospolitej Trojga Narodów, której ostatecznie nigdy nie udało się wcielić w życie.

W wyniku splotu różnych okoliczności w pierwszych tygodniach powstania nadal używano pieczęci z tarczą dwupolową, a więc z Orłem Białym i Pogonią Litewską. Dopiero 10 maja 1863 r. wraz z przekształceniem Komitetu Centralnego Narodowego w Rząd Narodowy przyjęto projekt pieczęci, na której widniał herb zgodny z koncepcją Bobrowskiego. Przedstawiał na tarczy trójdzielnej w rosochę: w polu pierwszym górnym Orła Białego, w polu drugim Pogoń Litewską, a w polu dolnym św. Michała Archanioła. Orzeł Biały był pozbawiony korony, za to w szponach trzymał miecz i krzyż, które miały symbolizować walkę o niepodległość. Nie pozbyto się jednak zupełnie korony, gdyż wieńczyła ona całą tarczę herbową. Jest to szalenie ciekawy zabieg, pokazujący jak kluczową była w okresie XIX w. kwestia korony w herbie, w której środowiska republikańskie widziały echo dawnej, minionej epoki (do której wracać oczywiście nie chcieli), zaś środowiska bardziej zachowawcze symbol niepodległości i jednocześnie ciągłości państwa polskiego.

Wraz z upadkiem Powstania Styczniowego trójpolowy herb powoli odchodził w zapomnienie, tak jak idea Rzeczpospolitej Trojga Narodów, zaś na pierwszy plan w sporach dotyczących symboliki narodowej wysunęła się znów kwestia korony (bądź jej braku) na głowie Orła Białego.